Treći trening za Veliku nagradu Japana protekao je popunjavanju onoga što su vozači izgubili tokom druge sesije kako bi stekli što je moguće bolje saznanje potrebno za daljnji dio vikenda, ali su ponovo imali prekid kojeg je izazvala trava koja se zapalila pored staze. Isti je problem bio na par minuta prije kraja, pa je sesija zvršena pod crvenom zastavom. Lando Norris je u tim uvjetim postavio najbrže vrijeme od 1:27.965. Iza njega se smjestio Oscar Piastri, koji je pod istragom od strane sudija jer nije poštovao pravila izlaska iz boksa, dok je George Russell treći.

Nakon što je dat znak da je staza slobodna, nekoliko vozača je krenulo u akciju.. Max Verstappen je među prvim postavio 1:30.397 mjereno vrijeme na hard gumama. Međutim, nakon samo pet minuta je istaknuta crvena zastava. Ponovo je pored staze došlo do paljenja trave. Prekid je trajao nekoliko minuta, nakon čega je na stazi nastala gužva. 

Lando Norris je zabilježio 1:30.397 i pomjerio Verstappena sa vrha, da bi Leclerc vremenom 1:29.107 pomjerio Norrisa, a Hamilton se u tim momentima smjestio iza Monežanina. Piastri je u međuvremenu napravio pogrešku izlijetanjem sa staze. Ubrzo je Australac postavio novi najbrži krug od 1:28.768, a Norris se smjestio iza vozača Ferrarija, pa je poredak bio: Piastri, Leclerc, Norris, Hamilton, Tsunoda kao top 5 na pola sata prije kraja sesije. 

Oscar Piastri je stavljen pod istragu jer nije slijedio instrukcije za izlazak iz boksa. Grid se u 30. Minuti šarenio jer su u upotrebi bile sve dostupne komponente. Neki od njih su vršili simulaciju utrke kako bi imali uvid u dugi stint kojeg nisu uspjeli odraditi tokom drugog treninga. U tom dijelu je Hamilton išao 1:28.540, a Leclerc 1:28.414, a Russell 1:28.385 s čim je vozač Mercedesa izbio na lidersku poziciju, pa je poredak na 20 minuta prije kraja bio: Russell, Leclerc, Hamilton, Piastri, Norris u top 5. 

Vozači koji su proveli dugi stint, prebacili su se na soft gume i krenuli u pripremu brzih krugova, pa je tako Tsunoda zabilježio 1:28.785, dok je Verstapen išao 1:28.685. Piastri je nakon njih postavio novi najbrži krug od 1:27.991, dok je na satu ostalo 12 minua do kraja. 

George Russell se približio Piastriju na 0.086 nakon što je odvozio 1:28.077. Lando Norris je pomjerio Piastrija postavivši 1:27.965 novo najbrže vrijeme na 7 minuta prije kraja sesije. Nova crvena zastava je došla na par minuta prije kraja i ponovo zbog trave koja je zapaljena, pa je sesija završena pod crvenom zastavom i Norrisom kao nabržim uoči kvalifikacija.

Poredak 3. treninga: